此外，尽管各级水利部门正在抓紧行动，把任务目标落实到位，但河道现代管理体系建设涉及多个部门，例如，由于我省有些河道多年未行洪，河道行洪障碍物为多年形成，且形成原因多种多样，有些河道内树障面积大，且拥有相关部门发放的林权证，养殖池有养殖户与当地政府或有关部门签订的协议，类似情况牵扯部门多，清除难度大。
虽然《防洪法》中规定：对河道、湖泊范围内阻碍行洪的障碍物，按照谁设障、谁清除的原则，由指挥机构责令限期清除；逾期不清除的，由防汛指挥机构组织强行清除。但由于很多障碍物直接关系到部分群众的眼前切身利益，例如河道滩地内老百姓种植的林果树木、养殖池等，群众投入了一定的财力、人力，若依法强行清除，群众阻力很大，依法清障执行难，还容易造成不稳定因素。
无论是河道界定、河道清障、河道治沙，还是河道管理机制的创新，都不仅仅是水利部门的事，河道现代管理体系建设往往和当地经济社会发展相关，还需要相关部门形成合力，需要得到全社会的关注和支持。
